他のソフトやWindowsの設定画面では正常に動いている前提で話すけど

この順番通りに設定する
　View->Controllerで
　　1.一番上にあるコンボボックスからController１またはController2を選ぶ
　　2.二番目のコンボボックスでコントローラタイプを選ぶ。
　　3.ダイアログ上の登録したい箇所のボタンを押して実際のコントローラのボタンを押す。
　　4.スティック設定のコントローラID(先頭の番号)を登録したボタンのコントローラIDと同じようにする。
　　5.OK(適用)を押すと設定が保存される。