ぼくはアホなので
・EACで分割FLAC
・CD Manipulatorで一括→7-Zip圧縮
の並存です。

一括がCD ManipulatorなのはEACを使い始めるより昔からそうしていたからで、深い意味はないです。
本当はこれもEACでの一括にしたほうが高再現なんでしょうか？
CD Manipulatorは当時高性能と聞いて使い始めて、実際困っていませんが、EAC比だとどういうポジションなのかよくわかりません。