ちょっと荒っぽいことをしてみたいんですけど・・・

V2Cを終了させて設定やログが入ってるフォルダを丸ごとバックアップしてから

①　BBS/2chのbbstree.txtを削除(or リネーム)してからV2Cを起動
②　V2C内部の初期状態で2chの板メニュ―が作られるので
　　　板一覧の2ｃｈタブを開いた状態でツリートップの「2ch」を右クリで板一覧の更新
③　更新が終ったらまた右クリでハードウェアのurlを確認

④　③が正しいurlだったら他の操作はは何もしないで即V2Cを再起動してもう一度ハードウェアのurlを確認

ってやってみることはできますか？

＃手動で板一覧の更新をする時って板一覧を開いて2chタブを選択してますか？
＃自分の経験的には板一覧を閉じた状態でメニュー＞板一覧＞板一覧の更新 をすると
＃板一覧を閉じた時点で選択されていた板が更新されるってことがありました