fxoon
>>400-402 閉じるボタンとか弄ったんですが>>397に書き忘れてました。それ関係のバグだと思います。
こちらの環境(Fx52.5.2ESR)でもなんとなくは再現できました。
　DL中などにウィンドウ×ボタンを押す->警告ダイアログによって閉じるのをキャンセル->その後DL中如何に拘らず再起動や終了ボタンを押しても無視される。
上記のような動作でしたら、なんとなくバグ修正も分かりそうです。もし上記とは流れが違って恒常的に発生するようならまた頭抱えますが。