自分もプレイヤーの調子がおかしくなって設定を初期化した時にそんな感じで悩んだな
起動時のウィンドウサイズを前回最後に使用していた大きさに復元・前回のサイズ・アスペクト比を保持とか
何かの設定をいじったと思うんだけど忘れちゃった

ちなみに音声ファイルと動画ファイルでウィンドウサイズが切り替わってしまうのはスキンモードの切り替え設定だった