コトバンクで「クリーンインストール」を検索すると

ASCII.jpデジタル用語辞典の解説
ハードディスクをフォーマットし、初期状態のハードディスクにOSをインストールすること。（以下略）

デジタル大辞泉の解説
オペレーティングシステムやアプリケーションソフトを、上書きでなく新規にインストールすること。

IT用語がわかる辞典の解説
既存のオペレーティングシステムやアプリケーションソフトなどのソフトウェアを完全に削除した後、新規にインストールしなおすこと。
（以下略）

なお、ASCII.jpデジタル用語辞典はMediaWikiを使っており、おそらく編集者任せでろくにチェックもしてないのだろう