ぶっちゃけビューアとしてはマンガミーヤの時点で完成してるんで求めてるのはファイルブラウザ

ももんが図書館は作者名で自動分類できる点でZipPlaより優秀だと思うけど
サムネイルの表示なんかはZipPlaのほうが優秀
だけどZipPlaはファイル名を弄るのとか気に入らないし作者名とかより大きな区分に分けて管理するの向きで
ももんが図書館は逆に目的のファイルが決まってる場合にはいいけどダラダラ探すのに不向き
古くはMangaExplorerなんかがファイル名を弄ることで
大分類（ジャンル等）で分けた後小分類（作者名等）で分ける
あるいは設定により逆に小分類で分けた後大分類で絞るみたいなツリーが作れたと思うけど
あんな感じが理想なんだけどいまだに決定版はないな