>>529
切り分けのために、MS-IMEで試してみてはどうでしょうか

64bit版とは描画周りが異なってそうなので参考までに、
32bit版（WOW64）、MS-IMEの環境で
ニコニコ動画（HTML5、Flash）、ニコニコ生放送（Flash）いずれも、
入力したコメントの再変換が可能でした

>>366
辺りをキーワードに過去ログを調べてみるのもいいかもしれません