連番になってなくてもzipにして支障なく読めてるのなら
ファイル名での整列ができてるってことじゃね?
そんだったら整列させた状態で連番ふりゃいいんじゃね?

そういえばお試し版のドラゴンボール超かなんかは
巻末の小話のほうが本編より若いファイル名になってて順番に並ばず
> 気にしなければそのまま読める
ような状態ではなかった気がするが