kindleで運用するんなら、とりあえずperfect viewerとcopper reader入れる
固定レイアウト(スキャン画像集)は等倍zipで出力してperfectで読む
通常の電子書籍は横書きか縦書きかでスタイル使い分けながら等倍epub出力してcopperで読む

これで殆どシチュエーションをカバーできるはず