mplayer/mencoder なら -edl オプションを使えば簡単なのだろうけれど、
ffmpeg \-edl editlist とかでググってみるといろいろヒットする。
たとえばこことか。
>Lightning fast video splitting script | hackmemory
https://hackmemory.wordpress.com/2013/04/08/lightning-fast-video-splitting-script/