>>493
感謝！
libassは考慮していませんでした。早速以下の通りに導入。

■ffmpeg入れ直し
$ ./configure --enable-libass --extra-ldflags="-L/usr/local/lib"

■共有ライブラリ参照
$ sudo sh -c 'echo "/usr/local/lib" > /etc/ld.so.conf.d/usr-local-lib.conf'
$ ldconfig -v
$ ldd /usr/local/bin/ffmpeg | grep libass
libass.so.9 => /usr/local/lib/libass.so.9 (0x00007f17042ec000)

■ffmpeg実行中に動作確認
$ sudo lsof -c ffmpeg |grep libass
lsof: WARNING: can't stat() fuse.gvfsd-fuse file system /run/user/1000/gvfs
Output information may be incomplete.
ffmpeg 11375 XXXX mem REG 253,0 913872 1966566 /usr/local/lib/libass.so.9.0.1

しかし、残念ながら結果は変わらず。。。
試しにコピーモードで変換しても、subtitlesがdataに変わってしまう。