Linuxを覚えたからと言ってffmpegが出来るようになるわけではないぞｗ
LinuxはLinuxOSを操作するためにコマンドを使うだけの話。
ただOSのコマンド打ちたいだけなら、Windowsのコマンドプロンプトでも似たようなもんだ。

ffmpegだのエンコーダーだののソフトウェア側のコマンドっていうのは、プログラム起動時にメイン関数に渡す引数の指定のことだ。
ソフトウェアによって渡す引数は全然違うから、結局のところ読んだり使ったり試行錯誤しながら覚えるしかない。