なんか発狂してる変なの(>>185)がいるし、以前どっかのスレのためにまとめたものからのコピペ+αで俺が書いておくわ。

特許技術を含むソフトウェアのバイナリを配布した場合、
配布者は、特許権の侵害行為として何らかのアクションを起こされるリスクを背負うことになります。
特許権は保護期間中は許諾がない限り利用(製造・頒布)できませんが、
特許法の例外として「試験・研究目的」であれば許諾なしに利用できます。
通常は、ソースコード配布であれば試験・研究目的に該当するか、
そもそも製造前のモノであり特許権の侵害にはならないと解されるようです。
ちなみにフランスではソフトウェア特許は認められていないようで、それもあって
x264やffmpegを内包するVideoLANプロジェクトはフランスを拠点にしているとのことです。
なお、特許権と著作権は別々の権利であり、独立に存在します。

また、FDK-AACを組み込む場合、ffmpegをビルドする際に、configureに--enable-nonfreeをつける必要があります。

  --enable-nonfree
   allow use of nonfree code, the resulting libs and binaries will be unredistributable

要するにFDK-AACについてはフリーじゃないコードを使うから、これを含めたバイナリは
再配布しちゃ駄目だよってことですが、上に書いたようにそもそもFDK-AACを含まなくても
ffmpegのバイナリ配布は特許権侵害の恐れがあるのでアウト。
FDK-AACを含めたffmpegの再配布は、その中でも更にアウトだということです。

こんなとこかな。