>>961
今から始めるなら基本はU32版。
これなら普通に使っている限り、Windowsが32bitでも64bitでもきちんと動いてくれる。
U64版は64bit版のWindowsにしかない機能を使うときのためのもの。
A32版はWindows95/98/Me/NT4をまだ使っている人と、
その時代のスクリプトを手直しせずに使いたい人のためのもの。

ちなみに俺の場合、64bitマシンのProgram Filesには素直に64bit版を入れているけど、
Ahk2ExeでコンパイルするときはA32・U32・U64 を3つとも作るようにしている。
…で、ほとんどの場合は持込先が64bit OSでもU32のEXEファイルだけで事足りている。
今のところ、Win64のDLLを使うとか、よほど巨大なデータを扱うとかしない限り、
「迷ったらU32版」で何も問題ないと思うよ。