訂正します。　最初から起動するときもやはりOnClipboardChangeに入っていました
Wikiにも
このラベルは、スクリプトが開始された直後にも実行される。
と書いています
しかし、

flag = 1
Sleep, 1000
flag = 0
return
OnClipboardChange:
if( flag > 0 )
return
ToolTip Clipboard data type: %A_EventInfo%
Sleep 1000
ToolTip ; Turn off the tip.
return

とすると、回避できます。これしか方法はないのかな