レスたくさん頂いてありがとうございます。文章が下手ですいません。
>>140

・#IfWinActiveで別々のケースとして区切っているのに、ホットキーとリマップの混在になってしまうのでしょうか？
・その混在で不都合がでるのはコンビネーションキーを設定したときに、一つ目のキーを離したときに発動する機能に限ったことなのでしょうか？

ぼくのautohotkey.ahkの構成は、#IfWinActiveをつかって

Aのソフトウェアが前面にあるときのホットキー
Zのソフトウェアが前面にあるときのホットキー
それら以外の場合のホットキー

という順で、どのソフトウェアが前面であるかを一つのユニットとして、別々にホットキーを
設定しているので#IfWinActiveの仕切りを越えて影響してきたら若干困ります。
AからZのホットキーの場合は前後で#IfWinActiveで仕切っているのに対して
「それら以外の場合の」ホットキーの場合は前後になんの工夫もなくただ書いているだけなのがまずいのかな。