Windowsキーを単独で無効にしつつ、
Win+E とかのショートカットは有効に出来るものはありませんか?

XPのころは
Windows key Canceler
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se327672.html
が動いてましたが、現在Win7 64bitでは使えませんでした