エンコードしていてPCがシャットダウンしやすいｔｓファイルとかあるものでしょうか？
一応、Murdoc Cutterで両端カットしてTsTimeKeeperを通したファイルを再度エンコードしたところ
なんとか最後まで落ちずにエンコードできました
受信環境の影響でtsファイルのなんらかの情報が欠落しているものなのかな、と推測しているのですが。