XP使いなので10の挙動わからんが　Program Filesに置いたアプリの、後発で作成されるiniファイルなんかは
強制的にフォルダから飛び出しアカウント配下に出来上がるってこと？
であれば他垢配下分やアプリケーションフォルダ直下に残っているのは壊れることもなくバックアップとして有効なのかな？