再生した曲をプレイリストから削除する「だけ」ならRemove played Filesってコンポネがある（今使えるかどうかは知らない）
削除した曲をまたプレイリストに戻すつもりがない（最終的にプレイリストは空になり不要になる想定）ならばオートプレイリストにこだわる必要はないかと
あくまでもオートプレイリストにこだわる（削除と登録を繰り返す想定）ならば例えば1日以内に再生したか否か判定する
「NOT %last_played% DURING LAST 1 DAYS」
を組み込むとかどうだろう
つまりあなたの言う「再生された」を「%play_count%の値が1以上」と取るか「%last_played%の値が直近x日以内」と取るかという話
