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Faderx64ならタスクバー上とデスクトップ上で
マウスホイール有効にできるから要望に近いが、ちょっと誤爆するからな
ホットキーでコントロール出来る方がいいんじゃないか?

え? マウスだけで完結したい?
X-MouseButtonControlと組み合わせる
アクティブな窓ごとにレイヤーの自動切り替えすれば、たぶんイメージ通りに出来るよ