話の流れを切ってしまって申し訳ないが

2.xと3.0の両方を使う→2.xを任意の位置で終了→3.0起動（その位置で起動）→2.xを起動すると毎回ウインドウ位置が真ん中に

これ俺だけかな？うまく説明できないが・・・