Explzhの『単一フォルダ圧縮時に最上位フォルダより下を圧縮』
一番トップのフォルダを含まずに、トップより下のファイルやフォルダを対象として圧縮を行います。

このような設定で圧縮は出来ないでしょうか？
コマンドラインからの圧縮でも構いません。