>>247
MusicBee3Settings.iniやMusicBeeLibrarySettings.iniなどで
どのパスのディレクトリを参照するか指定している

インストーラー版の設定をそのままポータブル版にコピーし
インストーラー版をアンインストールしていないので
共通のフォルダを参照した状態になっているんだと思う

インストーラー版をアンインストールして
ユーザーフォルダAppData\Roaming\MusicBeeと
ユーザーフォルダ\ミュージック\MusicBeeがあれば削除

ポータブル版の設定類は全てMusicBeeフォルダ直下のフォルダに保存されるので
MusicBeeフォルダをそのままバックアップしておけばいい