本当に消されたんだったら、それやったの
Windows DefenderやMSEじゃなくてSmartScreenじゃないか？


SmartScreen フィルター機能: FAQ
https://support.microsoft.com/ja-jp/help/17443/windows-internet-explorer-smartscreen-filter-faq

SmartScreen は、ダウンロードしたファイルを、
よく知られており、Internet Explorer を使う多数のユーザーによって
ダウンロードされているファイルの一覧とも照合します。
ダウンロード中のファイルがその一覧にない場合、SmartScreen が警告します。