プレイリストを m3u ではなく kbmu で運用してみては。

m3u だと曲長が秒単位でしか保存されないが
kbmu だとミリ秒単位で保存される

曲を再生すると曲長が変更されることになり、
リストの中身が変わったと見なされる

のだと思う