>>48
>◎ファイルを置き換える
>◎ファイルは置き換えずスキップする
>◎ファイルごとに決定する
こんな選択出てこないんだが、バージョンが違うのかな？

とりあえず、以下の設定試してみて
・メニュー「設定」→ファイル/フォルダー操作→全般→コピー→FreeCommanderにチェック
・メニュー「ファイル」→コピーダイアログ→同名ファイルが存在するファイルの処理方法：ユーザーに尋ねる

この状態で上書きコピーしようとすると、以下の選択肢から選べるようになるはず
・上書き
・すべて上書き
・新しい場合に上書き
・スキップ
・すべてスキップ
・中止
・コピー先のファイルサイズのほうが小さい場合すべて上書き
・コピー先のファイルをすべて自動で名前変更
・コピーするファイルをすべて自動で名前変更