察しがいいね。その通り。
EACのログはヘッダーフッターを含めない実データ部PCMデータ部だけで演算した各トラックのCRC32を記録している
foobar2000の追加コンポーネントのベリファイなんとかで同じCRC32演算できるよ

EACの設定でヌルサンプルも含めるをONにしとくべき。OFFは厄介。