返信ありがとうございます
自分でも考えてみました、こういうのはどうでしょうか

"メモ欄"や"ブックマーク欄"のような"削除したノード欄"と、.nnaと同じ形式の"削除したノード.ndl"を用意する
ツリーで削除されたノードは"削除したノード欄"に移動する
そして、誤削除した場合はユーザーが自分で"削除したノード欄"でノードを選択して、Ctrl+c(x)、マウスドラッグでツリーの任意の位置に移動する

多重起動させてそこから持ってくるやり方は再起動よりは楽なのでこれでしのがせてもらいますm(_ _)m
けど、やはりちょっと手間だな、と感じてしまうのが本音です・・・