>>176
ffmpeg76711fとffmpeg79635の違いだと思いますので
方法A）　1.65.0.2からoptionFフォルダとbinフォルダのffmpeg7611f.exeを
1.65.5.2にコピーして(nicovideoE.dllはコピーなしそのままで)
動画設定タブのオプションフォルダの設定を.\optionFに
「FFmpegの位置の設定を .\bin\ffmpeg76711f.exeに変更して（参照ボタンを使うと良いです）
共通FFmpegの設定の右側の更新ボタンを押してからオプションを設定しなおして」
やってみてください。
「」内は1.65.0.2のsaccubus.xmlをそのまま1.65.5.2にコピー上書きして
さきゅばすを再起動しても行けるかもしれません(追加の新しい設定項目はリセットされますが)
ffmpeg76711f.exeと1.65.5.2のnicovideoE.dllのoptionFでの変換は確認しました。

方法B)　>>142で紹介されたスレッドにあるおすすめ設定の情報ですが1.65.5.2そのままで
　「直接入力で入力オプションに「-analyzeduration 30M -probesize 30M」を追加」
だそうです。（この設定で直るかは未確認ですが新しい問題は起きないです）

問題のあったflvを1.65.0.2で変換するかflvプレイヤー（ひまたん　cometannなど）で
確認はしてみてください。
flvrepairが必要なflvが手元にないので直るのかは未確認ですが
flvrepairを通したflvの1.65.5.2での変換は実施しました