無料の変換ソフトで上手くいかなかったら思い切って有料ソフトを検討するのも手
俺もYouTubeに大量に動画アップするようになって、無料ではイラついて有料にした

ペガシスの「TMPGEnc」シリーズなら、大抵の事が高品質で行える
とくに映像クロップでは「Mastering Works 7」、無劣化カット＆接続なら「Smart Renderer 6」
この2本持ってれば何も困らない