M88 2.21a build date:Nov 4 2003 (1747e477)
M88 2.16b7 build date:Sep 8 2000 (2607a917)
M88改+ build date:Aug 25 2018 (a780e74b)

以上3種の本体でイースを起動
Alt+Enterでウインドウとフルスクリーンを何度か行き来してみたけど、特に色の異常はなかった
原因はなんだろうなぁ

2.21aの環境設定
N88-V1(H) mode
画面タブ：
1:3(20Hz)
右記の項目のみチェック→「全画面時640x480にする〜」「偶数ラインを表示する」「全画面モードでVSync〜」