ワイルドカード関係なかった。変な挙動というのはfb2kで見たときスプリットされていたこと。

fb2kでリプレイゲイン（レイアウト最適化だけでも？）かけるとLCAACMP4ファイルには
MediaInfoで見たとき
メニュー
00:00:00.047 : タイトル
というのがエンコーダディレイ値を見て適宜付加される。これはNero形式のチャプタ情報だっけ？

こいつがあるAACMP4ファイルを再圧縮かけると当然qaacは.047をチャプタの境と認識してしまうから変になる
再圧縮なんてするもんじゃないね