mkvtoolnixにインポートすると誤表示、誤書込するからボックスの値見てみた
96khz/24bit/2chなハイレゾファイルをALACでエンコードすると
iTunes : 　　　moov/track/mdia/minf/stbl/stsd/alac/ samplerate = 44100.000000
qaac/refalac: moov/track/mdia/minf/stbl/stsd/alac/ samplerate = 48000.000000
どちらも96000ではない数字が書き込んであった
仕様読んでないのでどれが正解でどれが間違っているかはわからない
そもそも96/24は非対応？