ついでに、まだ調査中ですが、それぞれの問題についての調査経過。

  問題1→ 別にradikoのAACに限らず、ffmpegのaacやlibfdk_aacで直接エンコしてm4a出力したり、
        ffmpegで -c:a copy でADTS-aacをm4a化するとVLCでのシークがもたつく。
        1時間以上のサンプルで何度もシークするとわかりやすい。
        VLC以外のシークは問題ない。MP4BoxやL-SMASH muxerでMuxした場合はVLCでも問題ない。
        ffmpegでもたつかないようにm4a化するオプションが見つからない。
        また、直接は関係ないがimplicit以外にする方法も
        libfdk_aacの-signaling以外に見つからない。

  問題2→ 2010年の試験配信開始時はMain、12月の正式サービス開始あたりから
        MainとLCのサーバが混在、翌年3月頃までにはLCに統一されたらしいが不明確。
        当初からずっとHEであり、HEv2だったことは多分ないが不明確。
        LC+SBR=HE-AACのはずであり「Main+SBRなんてありえるのか」という疑問も未解決。

  問題3→ HE-AACのWikiにはiTunes 9.2からHEv2に対応したとあるし、
        12.6.2.20で実際にPS部を解釈してステレオで聞ける。
        ただし、以下の問題があるのでなんか変?

    3-1.自分でneroやlibfdk_aacで作ったHEv2-m4aをシークするとモノラル(PS無効?)になってしまう。
        冒頭から通して聞く場合のみステレオで聞ける。

    3-2.Fraunhoferの
          AAC Stereo Playback Tests
          https://www2.iis.fraunhofer.de/AAC/stereo.html
        のサンプルでは
          ・どれもiTunesのプロパティでは「Low Complexity」になる。
          ・「AOT 29, mixed signalling」は再生するとモノラルになってしまう。
          ・「AOT 29, implicit signalling」は再生するとモノラルになる上に
           トーン2種が聞こえなくなってしまう。(SBRまで無効になってる?)