>>231 エスパー的に答えると、多分その行動は、デフォルトの文字コードの変更結果を見てるんじゃじゃなくて、
変化するはずのない今開いてるバッファの文字コードで結果を確認しておかしいと思ってるんだよ

(prefer-coding-system 'japanese-cp932-dos)
または
(prefer-coding-system 'cp932-dos)
をinit.elに記述して再起動か、*scratch*に書いて行末で C-x C-e 押すと「次回新規に開くファイルまたはバッファ」はステータスラインに S(CRLF) と表示される
init.elのファイルが既に　U(LF)　で書き込まれてたらステータスラインは　U(LF)　しか表示されない

>>231 のやろうとしたかったことは多分今開いてるバッファのステータスラインの文字コードを変えたかったのだろうから
M-x set-buffer-process-coding-system RET cp932-dos （C-x RET ｆ）

大ハズレ？