どこからダウンロードしてきたか知らないけどダウンロード元に情報はないの?
cygwin系はutf-8になるのかも
どこの文字コードを変えたいのかわからないけどとりあえずこれはどう?
(prefer-coding-system 'cp932)
か
(prefer-coding-system 'japanese-shift-jis)
メニューから設定する方法は知らない