cygwin-mount ってパスのプリフィクス mount の戻り値から取ってなかったっけ
自分はマウントポイント変更して /cygdrive/c じゃなく /mnt/c に変えて cygwin 使ってるけど cygwin-mount 問題なく使えてるよ。
もっとも msys2 はコンパイルの時ぐらいしか使ってないから根本的になにか勘違いしてるかもしれないのであしからず。