cygwin や msys2 とかの unix ライク環境と ntemacs を連携させてる場合、
Win側 の環境変数をいじるのは、気持ち悪くてできないなぁ
自分の場合、環境変数 HOME は以下のように設定してる。

ntemacs をインストールしたディレクトリ/share/emacs/site-lisp/
以下に site-start.el を作成して
(setenv "HOME" "HOME に設定したいディレクトリパス")

完全に好みの問題だけ思うけど