process-send-string を C-d が送られるように書き換えるだけで動くようにならない？
自分ところはそれでうまく動くようになってる。
ほんとはもっと細かくかいてるけど大まかには以下みたいなかんじで。

(defadvice process-send-eof (around real-c-d activate)
(process-send-string (ad-get-arg 0) (kbd "C-d")))

あと fakecygpty はおっきいところで二箇所ほどバグがあって、過去にこのスレで対処法が出たぶんは
以下にパッチがあたってるのが置いてあるから使ってみるといいんじゃないかな。
https://github.com/trueroad/fakecygpty

pty の初期化が古い meadow 仕様だったのを emacs 仕様に書き換えて 出力 CRCRLF になっちゃうのを対処したのと、
子プロセスの戻り値をちゃんと処理してないせいでいつでも正常終了になっちゃうのを対処してるバージョンね。