以下のメールでfakecygptyの作者さんも言ってるけど、
ttp://www.ysnb.net/meadow/meadow-develop/2005/msg00367.html

fakecygpty を経由するプロセスが
compilation-disable-input を non-nil にセットすると正常動作しなくなるみたいね
そのせいで grep とか ggtags、twittering-mode 等が動かなくて数日悩んでしまった

自分の環境では pty が必要な場面は低いんで、
wiki の設定を一部改編して、現状のブラックリスト方式ではなく、
ホワイトリスト方式で fakecygpty を経由するか判断させることにした
また、バッファの名称の判断に正規表現を使うことにした
ついでに 24.4 で導入された新アドバイスに書き直してみた