バックアップウィザードで、SSD丸ごとバックアップする時
マスターブートレコードってチェック入れたほうがいいんですか？

チェック入れる時は、違うSSDに変える時に限るとかそんな感じですか？
普段から使用してるSSDに、保存したデータを戻すだけの場合はチェック不要？