一冊まるごとオーディオブック化するんじゃなくて
章ごととかに分けてfile_01.mp3、file_02.mp3とかいうように
連番をつけてはどうでしょう？
同じファルダに入れておけばアプリ側（Audipoとか）で連番順に
連続再生できますし、部分的に変更したい場合にもやりやすいかと思います。

私もオーディオブック自作というか青空文庫作品を読み上げ用に加工して
公開してるのですが、一年半ほど続けてるうちに少しづつ
コレクションが増えてきました。
http://pansy.s1010.xrea.com/%e9%9d%92%e7%a9%ba%e6%96%87%e5%ba%ab/