>943で一つ気になるのは、フォルダーやファイルの名前に
ものすごく長いのがあるとか階層がすごく深くて大量に
なったものがあるとか、特殊な文字を使ったものが
あるというのは無いよね？

同じ症状ではないのだが、バックアップ用の別メーカーの
新品HDD２台を外付けに使っていても一時期２台ともにトラブルが
ちょこちょこあったので大きな階層から分割して少しずつ原因に
なりそうなのを絞ってから命名法や階層構造を
見直したらトラブルが無くなったということがあった。