>>120
振り分け（仕分け）ソフトで複数フォルダを一つのフォルダにまとめてから、
そのフォルダをバックアップソフトで同期すれば？

振り分けソフト
仕分けソフト
などと検索すれば色々出てくる。

DropIt?-?フリーソフト?-?林檎の木
http://ringonoki.net/tool/utility-s/drop_it.php

他にもExifでリネームしてくれるソフトとかもある。

うまく組み合わせれば？