皆さんありがとうございました。
>>564のマニュアルにデータベースについて書いてありましたね。
そこに載ってたサンプルの項目値を入れただけで、
見違えるように速くなりました。

最初のアップロードサイズの件は、
userをnginxからrootに変えて変更できました。
変える時に都度userを変えるってことで良いのでしょうか。

大規模で使うわけじゃ無いので、
MySQLの設定は充分のような気もしますが、
調整していきたいと思います。