コマンドライン・デベロッパ・ツールはAtomではなくAppleが配布しているツールで
確かgitがインストールされていないmac環境でgitコマンドを叩くと
それが表示されてツール内のgitを使用するように促すようになっていた気が…
ターミナルとかでgitを実行しようとしても同じ表示になるはず

Atomはパッケージのアップグレードに内部でgitを叩いているので、その表示がでます
別の方法でgitを入手しても動くようになると思うけど、素直にインストールするのが楽です