申し訳ないから探してみたけど
バイト境界を跨いで検索するのはさすがにないだろうとは思ってたけど
2進編集できマーカーのload/save出来るものすら見つかんね…
とりあえず、wxHexEditorてのがマーカーのload/saveはできたのでRubyで書いてみた
https://ideone.com/CU11pt
使い方は
$ ruby bitsearch.rb data.bin 0b101101 033 123 0xba > data.bin.tags && wxHexEditor data.bin
とか。