教えて下さい。
saccubusでコメント付動画をダウンロードし、
それをFreemakeVideoConverterで編集し、再エンコードしているのですが、
偶に、ソースと同じでエンコードしても、画面が変な風に拡大化して、
上下が切れたり、上のみ切れたりして、上の方の文字や下の方の文字が見えなくなる事があります。
ソースと同じにしているのに、何が変わるのでしょうか？

カスタマイズで、色々試すのですがダメです。
編集画面では元動画のまま見えるのに、
編集を終えてエンコードすると、倍化？して様におかしくなります。

因みに動画はitunesで見ています。

何をどうすれば、編集しても元動画と同じ形式で見られる様になるのか、
お分かりになる方教えて下さい。
若しかしたらというヒントでも構いません。

或いは、別のお勧めの動画編集（トリミング）、エンコードソフトがあったら教えて下さい。